TrueCrypt позволяет создавать виртуальные зашифрованные диски, которые затем могут использоваться как обычные логические диски системы. Допустимые алгоритмы шифрования: AES (256-bit key), Serpent (256-bit key), Twofish (256-bit key). В качестве зашифрованного хранилища ("диска") можно использовать как часть свободного места на диске, так и целиком один из имеющихся разделов жесткого диска, а также flash-карты, дискеты и другие съемные устройства хранения данных. Еще одна из особенностей программы - отсутствие в заголовке созданного "диска" специфической сигнатуры, характерной для других подобных программ, что делает невозможным идентифицировать TrueCrypt-диск, т.к. ни одна из частей виртуального диска не отличается от случайных данных.