Главным отличием ЯРКСИ от других электронных словарей иероглифов является оригинальная система поиска по радикалам, максимально использующая возможности, которые дает компьютер с реляционной базой данных. В этой системе нет понятия "ключа", традиционного для бумажных словарей. Все радикалы (632 против привычных 214) трактуются как равноправные - а вместо подсчета штрихов, неизбежного в бумажных словарях, пользователю предлагается выбрать несколько радикалов (поиск по классическим ключам добавлен как опция с версии 3.0). Быстрому нахождению радикала в таблице служат опции подсветки и сжатия. С версии 7.0 ЯРКСИ содержит инструмент рукописного ввода JiPad, призванный служить альтернативой поиску по радикалам. Помимо собственно словаря иероглифов, ЯРКСИ содержит фонетический словарь. Входящие в него составные слова (дзюкуго) используются в статьях иероглифического словаря для иллюстрации употребления знаков. Помимо этого, фонетический словарь может использоваться самостоятельно для поиска того или иного слова - как через его чтение/значение, так и через иероглифическое написание.
Основным лексикографическим предшественником ЯРКСИ является учебный словарь иероглифов Наталии Исаевны Фельдман-Конрад, впервые изданный в 1956 году, переизданный в 1977 и много лет считающийся стандартом в русской японистике. Из него позаимствована общая идеология и формат словарной статьи. С другой стороны, ЯРКСИ призван превзойти предшественника по информационному наполнению. В нем значительно увеличено число иероглифов, и углублены их толкования. Данные приведены в соответствие с современным состоянием дел в японской письменности, сложившимся после неоднократных реформ последних лет. Для работы над базой данных активно привлекаются новейшие японско-английские словари, многочисленные японские источники и ресурсы Интернета.