Сюжетная завязка раскрывает перед нами секретное присутствие на Земле базы инопланетян, разрабатывающей супероружие, которое они планируют использовать в своей войне в других мирах. Вот выдержки из руководства пользователя:
Загадочные Серые в течение многих тысяч лет изучали человечество. Земля, расположенная на задворках Галактики, была идеальным местом для проведения чужими экспериментов, слишком опасных для их родных миров. Вовлеченные в межзвездную войну с неизвестным врагом, Серые отчаянно пытались создать супероружие, которое спасло бы их от гибели. Они посчитали Землю, с ее природными ресурсами, многочисленным населением и коррумпированным правительством, идеальным местом для разработки биологического оружия. В 1947 году из-за серьезной неисправности возле Розуэлла в Нью-Мексико потерпел крушение исследовательский корабль Серых. Правительство Соединенных Штатов скрыло всю правду об этом и блокировало доступ к месту падения корабля. Среди обломков корабля был обнаружен тяжело раненный Серый, прозванный Эдгаром, который был доставлен в Зону 51 для изучения. Вскоре после этого ключевые посты в правительстве захватили могущественные Иллюминаты, секретный союз аристократов, втайне стремящийся господствовать над миром. Иллюминаты использовали свое влияние, чтобы у Зоны 51 появилось новое, тайное предназначение. Над лабораторией, в которой находился искалеченный Эдгар, была построена крупная военная база, а в 3 милях от этого места, в пустыне, в недрах земли, Серые создали свой исследовательский центр. И с тех пор эта база стала местом, куда втайне могли прилетать корабли Серых.
В дальнейшем Иллюминаты заключили с Серыми договор, согласно которому они предоставляли чужим необходимые ресурсы (включая людей для экспериментов), а в обмен получали неограниченный доступ к инопланетным технологиям. 20 лет ученые - люди и Серые - вместе плодотворно трудились над проектом "Тета". Это был проект по созданию существа, которое предполагалось использовать в качестве оружия в далекой войне чужих. Один из ученых-людей, доктор Уинстон Крей, вместе с загадочным Эдгаром работал над усовершенствованием мутагенного вируса. Крей считал, что, воплотив свои разработки в проект "Тета", он смог бы получить то супероружие, которого так жаждали Серые. Но теперь, узнав от Эдгара о дальнейших планах пришельцев, доктор Крей стремится помешать Серым завершить создание своего оружия и уничтожить Землю. Несмотря на то, что исследовательские лаборатории Зоны 51 находятся под контролем Иллюминатов, доктор Крей рискнул позвать на помощь. Чтобы помешать реализации планов Серых, он решил посеять панику среди Иллюминатов и тем самым спровоцировать вмешательство военных с поверхности. С этой целью он выпустил свой вирус в вентиляцию подземных этажей базы. Зараженными оказались и верхние этажи базы, и командование решило блокировать район и вызвать подразделение химзащиты. После исчезновения отряда Дельта было решено отправить второй отряд. Теперь отряд Браво должен узнать о судьбе отряда Дельта и найти источник смертоносного вируса.